インバーター制御のモーターの電流を測っているが実際の値より低い。

MODEL 2031は平均値の為、恐らくインバータによる波形の歪みの影響を受けているのではないかと思われます。
歪みの影響を受けにくい、実効値タイプ(TRUE RMS)のクランプメータを使用して頂く事をお勧めいたします。

平均値タイプ、真の実効値タイプの違いについては、クランプメータ測定ガイドの『5-1.平均値タイプ/真の実効値タイプの違い』をご参照ください。